Microbiology after the genomics revolution (Genomes 2014)

Genomics has profoundly changed our way of conducting research in microbiology. The power of high–throughput DNA sequencing technologies, in particular the recent development of next generation sequencing allows researchers now to address an increasingly diverse range of biological problems. The scale and efficiency of sequence-based analyses that can now be achieved is providing unprecedented progress in diverse areas that range from the analyses of genomes to related disciplines such as transcriptional profiling - or protein - nucleic acid interaction studies: Population and metagenomics studies can now be conducted in an unprecedented large scale, regulatory processes can be studied genome-wide under hundreds of different conditions. The genome wide study of the interaction of DNA or RNA with proteins brings completely new insight into regulatory processes and even single cell analyses become now possible. The many diverse applications of next–generation sequencing and the importance of the insights that are being gained through these methods are very exiting and challenging. It is the perfect time to come together and exchange new knowledge and technologies in this area.

Thus the conference on "Microbiology after the genomics revolution - Genomes 2014" will be an appropriate and timely occasion to offer an outstanding discussion forum for the best international researchers in all fields of cutting edge microbiology research to discuss newly discovered aspects of microbiology.


Chair of the conference

Carmen Buchrieser, Institut Pasteur, Paris, France
Scientific Program Committee

Ulla Bonas, University of Halle, Germany
Sylvain Brisse, Institut Pasteur, Paris, France
Carmen Buchrieser, Institut Pasteur, Paris, France
Pascale Cossart, Institut Pasteur, Paris, France
Philippe Glaser, Institut Pasteur, Paris, France
Jörg Hacker, German Academy of Science Leopoldina, Halle, Germany
Julian Parkhill, Sanger Centre, Cambridge, UK
Eliora Ron, Tel Aviv University, Israel
George Weinstock, Washigton University, St. Louis, USA
+ show speakers and program

TUESDAY, JUNE 24   
15h00 – 18h00  Registration 
   
17h30  Welcome addresses 
18h00  Opening Session  
Chair:  
  Lucy Shapiro (Stanford University, USA)  
Stewart Cole (EPFL, Lausanne, Switzerland) 
   
19h30  Welcome Reception at Institut Pasteur 
   
WEDNESDAY, JUNE 25   
8h30 – 10h25  Host ‐ Microorganism interactions: 
Chair:  
8h30 – 8h55  Waiting for confirmation 
8h55 – 9h20  Ulla Bonas (Martin Luther University, Halle‐Wittenberg, Germany)  
9h20 – 9h40  Talk selected from the abstracts 
9h40 – 10h00  Talk selected from the abstracts  
10h00 – 10h25  Thomas Meyer (Max Planck Institut, Berlin, Germany) 
   
10h25 – 11h00  Coffee break 
   Last update: 17/07/2013
11h00 – 12h35 Virulence factorsidentified from genomics:
Chair:  
11h00 – 11h25  Tim Stinear (University of Melbourne, Australia) 
11h25 – 11h45  Talk selected from the abstracts 
11h45 – 12h10  Ralf Isberg (Tufts University, Boston, USA) 
12h10 – 12h35  Waiting for confirmation 
   
12h35 – 14h00  Lunch at Institut Pasteur + Career lunch (Students meet PIs)  
14h00 – 15h30  Poster Session 
   
15h30 – 17h05  Bioinformatics and large scale analyses 
Chair:  
15h30 – 15h55  Peer Bork (EMBL, Heidelberg, Germany) 
15h55 – 16h15  Talk selected from the abstracts 
16h15 – 16h40  Uwe Sauer (Institute of Molecular Systems Biology, Zürich, 
Switzerland) 
16h40 ‐ 17h05  Tim Van Opijnen (Boston College, Boston, USA)  
   
17h05 ‐ 17h35  Coffee break 
   
17h35 – 18h50  New regulatory mechanisms 
Chair:  
17h35 – 18h00  Jörg Vogel (University of Würzburg, Germany) 
“Dual RNA‐seq of pathogen and host” 
18h00 – 18h25  Brice Felden (Université de Rennes, France) 
“The Staphylococcus aureus RNome and its implication in bacterial 
virulence” 
18h25 – 18h50  Pascale Cossart (Institut Pasteur, Paris, France) 
   
19h00 – 20h00  “Wine and cheese” + Network corner for young scientists 
   
   Last update: 17/07/2013
THURSDAY, JUNE 26
8h30 – 10h05  Bacterial Evolution, Epidemiology, Population genomics 
Chair:  
8h30 – 8h55  Roland Brosch (Institut Pasteur, Paris, France) 
8h55 – 9h15  Talk selected from the abstracts 
9h15 – 9h40  Julian Parkhill (Sanger Centre, Cambridge, UK) 
9h40 – 10h00  Talk selected from the abstracts  
10h00 – 10h25  Siv Andersson (University of Uppsala, Sweden) 
   
10h25 – 11h00  Coffee break 
   
11h00 – 12h35  Cell Biology of Infection‐ single cell analyses 
Chair:  
11h00 – 11h25  Marek Basler (Harvard University, Boston, USA) 
11h25 – 11h50  Susan Schlimpert (Max Planck Institute, Marburg, Germany) 
11h50 – 12h10  talk selected from the abstracts  
12h10 – 12h35  Tâm Mignot (Université Aix‐Marseille, France) 
“Mechanisms of bacterial cooperative behaviors: a genomics 
perspective” 
   
12h40 ‐ 14h00  Lunch at Institut Pasteur + Career lunch (Students meet PIs)  
   
14h00 – 15h30  Poster session 
   
15h30 – 16h40  Host genetics and Systems Biology 
Chair:  
15h30 – 15h55  Waiting for confirmation 
15h55 – 16h15  Talk selected from the abstracts 
16h15 – 16h40  Waiting for confirmation 
   
16h40 ‐ 17h00  Coffee break 
   Last update: 17/07/2013
17h00 – 18h15 Synthetic biology –New toolsin Microbiology
Chair:  
17h00 – 17h25  David Bikard (Rockefeller University, New York, USA) 
17h25 – 17h45  Talk selected from the abstracts 
17h45 – 18h15  Waiting for confirmation 
   
20h00  Congress Dinner 
   
FRIDAY, JUNE 27   
8h30 – 10h15  Functional genomics 
Chair:  
8h30 – 8h55  Stephen Lory (Harvard University, Boston, USA) 
8h55 – 9h15  Talk selected from the abstracts  
9h15 – 9h50  Regine Hengge (Free University of Berlin, Germany) 
"Cyclic‐di‐GMP signaling and E. coli biofilm architecture" 
9h50 – 10h15  Carmen Buchrieser (Institut Pasteur, Paris, France) 
   
10h15 – 10h35  Coffee break 
   
10h35 – 12h40  Microbes in their Environment ‐ Metagenomics 
Chair:  
10h35 – 11h00  Waiting for confirmation 
11h00 – 11h20  Talk selected from the abstracts) 
11h20 – 11h55  Eran Elinav (Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israel 
11h55 – 12h15  Talk selected from the abstracts  
12h15 – 12h40  George Weinstock (Washington University, St Louis, USA) 
   
12h40 ‐14h00  Lunch at Institut Pasteur + Career lunch (Students meet PIs)  
   
   
   
   Last update: 17/07/2013
14h00 – 15h35 Bacterial physiology and adaptation
Chair:  
14h00 – 14h25  Valerie Mizrahi (University of Cape Town, South Africa) 
14h25 – 14h45  Talk selected from the abstracts  
14h45 – 15h10  Inigo Lasa (University of Navarra, Pamplona, Spain) 
15h10 – 15h35  Werner Goebel (Max von Pettenkoffer Institut, Germany) 
"Pathometabolism ‐ an emerging field of bacterial pathogenesis" 
   
15h35 ‐ 16h00  Coffee break 
   
16h00 – 18h00  Host Microbe Interactions ‐ host response 
Chair:  
15h30 – 15h55  Jay Hinton (University of Liverpool, UK) 
15h55 – 16h15  Talk selected from the abstracts (15min+5min) 
16h15 – 16h40  Serge Mostowy (Imperial College, London, UK) 
16h40 – 17h00  Talk selected from the abstracts (15min+5min) 
17h00 – 17h40  Philippe Sansonetti (Institut Pasteur, Paris, France) 
   
17h40    Closing remarks 

24 Jun - 27 Jun 2014
paris
France
meeting website